Der Standort Göttingen verbindet Grundlagenwissenschaften und translationale Forschung in den Neurowissenschaften. Schwerpunkte sind die Entwicklung und Funktion des Zentralen Nervensystems (ZNS) und deren Störungen bei neurologischen und nicht-neurologischen Erkrankungen. Zur besonderen Infrastruktur zählen humane ZNS Biomaterialien und Krankheitsmodelle, innovative technologische Entwicklungen wie STED-Mikroskopie, Echtzeit-MRT und die therapeutische Anwendung von Stammzellen sowie eine integrative Forschungsdateninfrastruktur. Partner sind die Universitätsmedizin Göttingen, die Georg-August-Universität Göttingen, das Max-Planck-Institut für Multidisziplinäre Naturwissenschaften, das Deutsche Primatenzentrum und das Fraunhofer-Institut für Translationale Medizin und Pharmakologie ITMP.

Der Standort Berlin verbindet Grundlagenforschung, translationale und klinische Forschung in der Pädiatrie und den Biowissenschaften. Schwerpunkte sind seltene genetische Erkrankungen, chronisch-entzündliche Erkrankungen, frühe Determinanten für eine gesunde Entwicklung und die Entstehung von Krankheiten sowie systemmedizinische Ansätze zur Entschlüsselung von Krankheitsmechanismen und neuen therapeutischen Angriffspunkten. Hierfür verfügt der Standort über besondere Infrastrukturen für innovative (Einzelzell-) Multi-Omics-Analysen, krankheitsrelevante Modellsysteme, große Patientenkohorten, künstliche Intelligenz und digitale Gesundheit, sowie klinische Studien bei Kindern und Jugendlichen. Partner sind die Charité – Universitätsmedizin Berlin, das Berlin Institute of Health (BIH), das Max-Delbrück-Centrum für Molekulare Medizin (MDC) in der Helmholtz-Gemeinschaft und das Deutsche Rheuma-Forschungszentrum (DRFZ) der Leibniz-Gemeinschaft.

Der Partnerstandort Greifswald/Rostock ist ein interdisziplinäres Konsortium mit einem einzigartigen gemeinsamen Forschungsschwerpunkt in der Community Medicine. Das übergeordnete Ziel der Forschung ist die Verbesserung der gesundheitlichen Situation und Lebensqualität der Bevölkerung. Der Zugang zur medizinischen Versorgung, Prävention und soziale Teilhabe soll mit innovativen Versorgungsmodellen für alle Kinder und Jugendliche sichergestellt werden. Am Standort Greifswald/Rostock kann das gesamte Community Medicine-Kontinuum von der epidemiologischen Grundlagenforschung bis hin zur Versorgungs- und Präventionsforschung umgesetzt werden. Die besondere Infrastruktur umfasst exzellente Verbindungen zu einem breiten Netzwerk medizinischer und kommunaler Partner, Kompetenzen für Telemedizin und eHealth sowie eine unabhängige Treuhandstelle mit vollständig digitalisierten Instrumenten für das Einwilligungs- und ID-Management. Partner sind die Universitätsmedizin Greifswald, die Universitätsmedizin Rostock und die Universität Greifswald.

Am Standort Hamburg liegt der Schwerpunkt auf der Erforschung und Behandlung seltener genetischer Erkrankungen. Die Forschung beinhaltet die Identifizierung genetischer Krankheiten, das Verständnis der zugrundeliegenden molekularen Mechanismen, die gezielte Entwicklung neuer Therapien sowie die Zulassung und Einführung neuer Behandlungen. Ein weiterer Schwerpunkt betrifft die Erforschung angeborener neurologischer Erkrankungen. Darüber hinaus leistet der Hamburger Standort Beiträge zu den Forschungsbereichen Immunologie, insbesondere im Bereich der Transplantationsmedizin, und zu psychosozialer und mentaler Gesundheit. Dem Standort steht eine hervorragende Infrastruktur zur Verfügung. Diese umfasst unter anderem eine Plattform zur Medikamentenentwicklung und herausragende Expertise im Bereich der Systemmedizin. Partner des Hamburger DZKJ-Standortes sind das Universitätsklinikum Hamburg-Eppendorf und das Leibniz-Institut für Virologie (LIV).

In einem übergreifenden und ganzheitlichen Ansatz verbindet der Standort Leipzig/Dresden eine umfassende epidemiologische Beobachtung der Gesundheit und Entwicklung von Kindern unter besonderer Berücksichtigung der Psyche-Soma-Interaktion in einem dynamischen Umweltkontext. Der Standort bietet ein breites interdisziplinäres Spektrum wissenschaftlicher und klinischer Spitzenleistungen in den Bereichen pädiatrische Epidemiologie, Umweltforschung, Immunologie, Infektionskrankheiten, Adipositas und psychische Gesundheit. Die Wissenschaft wird durch leistungsstarke Infrastrukturen unterstützt. Dazu zählen insbesondere eine einzigartige Sammlung von Kohorten, Spitzentechnologien (Hochdurchsatzplattformen, Bio- und Environmental Monitoring, NGS-Technologie), klinische Forschungsplattformen, Expertise im Bereich Zellreprogrammierung/Gen-Targeting/Gentechnik sowie GMP-konforme Einrichtungen.
Beteiligte Einrichtungen am Standort sind die Universität Leipzig, die Technische Universität Dresden, das Helmholtz-Zentrum für Umweltforschung – UFZ sowie das Helmholtz-Institut für Stoffwechsel-, Adipositas- und Gefäßforschung (HI-MAG), das Max-Planck-Institut für evolutionäre Anthropologie und das Robert Koch-Institut.

Der Standort München bringt sich mit seiner Expertise in der Erforschung des Immun- und Stoffwechselsystems ein. Schwerpunkte liegen in der Identifizierung genetisch bedingter Krankheitsfaktoren, der Entwicklung neuer Methoden der Präzisionsdiagnostik sowie innovativer Strategien der Zell- und Gentherapie. Wissenschaftlerinnen und Wissenschaftler in München teilen ihre Technologie-Plattformen zur Präzisionsbestimmung von Biomarkern und AI-basierten Analytik, zur Erforschung von Krankheitsmechanismen in vitro und in vivo (z.B. transgene Großtiermodelle) sowie zur Entwicklung von zell- und gentherapeutischen Innovationen für kranke Kinder. Die Forschungsprogrammatik orientiert sich an den Prinzipien der UN-Kinderrechtskonvention. Die LMU orchestriert den Münchner Beitrag mit den Partnern LMU Klinikum, Klinikum der TU München, Helmholtz Zentrum München und Max-Planck-Institut für Biochemie.

Der Standort Ulm fokussiert auf Metabolismus, Hormone und Adipositas, die normale und gestörte Entwicklung des Immunsystems sowie psychische Störungen und ihre immunometabolische Basis. Er ist in der molekularen Medizin sowie in psychologischen, digitalen und ethischen Aspekten dieser Schwerpunkte ausgewiesen. Ulm untersucht körperliche und (epi)genetische Mechanismen, die frühe Weichenstellung späterer Erkrankung und Sterblichkeit, die Bewältigung der Folgen lebensbedrohlicher und chronischer Erkrankungen, betreibt Präventionsprogramme und entwickelt digitale Lösungen für Gesundheitsfürsorge und -kontrolle. Der Standort steht für institutionalisierte interdisziplinäre und fakultätsübergreifende Zusammenarbeit auch mit der Industrie, starke Methodenplattformen und einzigartige große Patienten- und Bevölkerungskohorten.
Partner sind die Universität Ulm, ihre Medizinische Fakultät, das Universitätsklinikum Ulm und die DRK-Blutspendezentrale.